8・31不動産総合対策により、企業の譲渡税負担も増えることになった。現在、企業は非事業用の更地など法人所有の不動産を譲渡する際、不動産譲渡に伴う税金を別途に納めていない。不動産の譲渡差益を企業の利益に含め、法人税として課税している。
これは二重課税という指摘があるためだ。特別付加税（個人の譲渡所得税に相当）は事実上運用されていない。法人の場合、不動産譲渡時の税負担はほとんどなかったわけだ。
しかし2007年からは事情が変わる。法人が非事業用の更地、雑種地、および主業としていない農地・林野・牧畜用地などを売却する際には、不動産の譲渡差益に対して特別付加税（税率30%）を負担しなければならない。ひとことで言えば、特別付加税制度が再び復活したことになる。
税負担はここで終わらない。譲渡差益に対する特別付加税のほかに、法人税（25%）も追加で負担する。これにより法人が負担する税金は、法人税25%と特別付加税30%などを合わせて計55%となる。
政府は法人も個人と同水準で課税するため、こうした方向で税制改編を推進する計画だ。しかし中小企業など資金余力の乏しい企業は、税負担の増加で少なからぬ苦労を経験するとみられる。