合同参謀本部の新庁舎設計図面流出事件を捜査中の軍検察団は31日、機密漏洩の疑いで予備役大佐のA氏（前合同参謀本部新庁舎事業団長）を23日に拘束したと明らかにした。検察団はまた、A大佐の指示を受けてY社に設計図面を渡した新庁舎事業団の化学・生物・放射線担当B曹長と、資料を受け取ったH設計委託業者の職員C氏も在宅起訴した。
しかし設計図面を保有していたY社のD代表については、関与の有無を追加調査し、民間検察への移送の可否を判断する方針だ。これらは2009年7月、合同参謀本部新庁舎を建築する際、秘密取扱権限のないY社に軍機密である電磁パルス（EMP・electromagnetic pulse）弾防護施設の設計業務を委託し、設計図面を流出させた疑いを受けている。
軍検察団は「合同参謀本部の設計図面が流出した状況を確認し、当該業者の事務所など20カ所余りに対する捜索押収とともに関係者への捜査を実施した結果、A大佐が設計図面の流出を主導した事実を確認した」と説明した。検察団の関係者は「当該Y社のD代表は、報道機関に機密である設計図面を持っているという事実だけを話し、流出したことはない」とし、「追加調査を経た後、民間検察に移送することもあり得る」と述べた。
国防部の関係者はこれに関連し「そもそも機密に指定せずに図面を提供したことが問題」とし、「機密を過小分類した部分も処罰対象になり得る」と付言し、処罰範囲を拡大し得るとの考えをにじませた。機密分類は当該資料の最初の作成者が担当するよう規定されている。
検察団は、A大佐など今回の事件の関係者間に金品授受など不正な癒着関係があったかどうかについても、現在関係者の口座追跡など捜査を進めている。検察団関係者は「2度にわたる捜索押収で、外部に流出した秘密図面の全部を回収したと判断される」とし、「現時点では北朝鮮に渡った可能性はないと判断している」と述べた。
合同参謀本部新庁舎事業（201事業）は、合同参謀本部の新庁舎を建てる事業で2008年に始まった。2012年8月に竣工した合同参謀本部新庁舎には1800億ウォン余りが投じられたが、今回の事件を契機に電磁パルスなど電子爆弾に対する対応力が不十分だとの指摘も出ている。米国など主要国に比べ基準が低く、有事の際に電子爆弾によって合同参謀本部の通信および電子装備が使い物にならなくなる可能性があるとの指摘だ。
国防部はこれについて、来年から合同参謀本部庁舎など5施設に対する性能点検を実施する計画だ。国防部関係者は「今年の予算として2億5000万ウォンが配分され、その他の施設についても2016年以降、年次的に性能を点検する計画」と述べた。国防部はまた、今回の事件を契機に、機密の没収・廃棄に関連する法的根拠をより明確にするため、秘密設計合同事務所を国防部別館内に設置し「設計保安統制官」を運営する方針だ。