Jejuairは国内の低コスト航空会社（LCC）首位でありながら、自社整備施設を持たず海外に依存していることが分かった。
30日、航空業界によると、国内航空会社のうち自社で航空整備事業（MRO）を運営しているのはKorean Air LinesとAsiana Airlinesだけである。Jin AirとAir Busan・AIR Seoulはそれぞれ親会社であるKorean Air Lines・Asiana Airlinesの整備支援を受けている。
LCCは大手航空会社に比べ整備士が不足し、自社整備施設も持たないため、安全問題につながっている。昨年のLCC機の安全障害14件のうち8件がT'way Air、3件がJejuairで発生した。業界は海外整備への高い依存度が主な原因だと指摘した。
今回の務安国際空港の事故機の過密運航問題も取り沙汰されている。航空専門サイトのフライトアウェアによると、当該機は事故発生前の48時間に務安・済州・仁川空港と北京、台北、バンコク、長崎、コタキナバルなど8空港を13回往復していた。
Jejuairは前日に報道資料を出し、「出発・到着前の点検と24時間点検を完了しており、機体に異常の兆候はなかった」と説明したが、切迫した日程の中で整備が十分だったのかという疑問が提起された。
特に今回の事故は鳥衝突（バードストライク）が主な原因として指摘されているが、自動・手動など4つの方式で作動可能なランディングギアがいずれも作動しなかった点は依然として謎である。これにより、整備不良による機械的欠陥の可能性も排除できないとの指摘が出ている。
さらに29日の事故後、同型機であるJejuair7C101便（ボーイング737-800）も30日午前、金浦空港を離陸後にランディングギアの異常で引き返したことから、Jejuairの整備体系全般に対する点検が必要だという声が高まっている